Il 1942 segnò l’inizio ufficiale della vita pubblica della biblioteca di S. Matteo.
Furono adattati i locali del cosiddetto seminario posto all’ultimo piano del lato settentrionale del convento che dal sec. XVIII ai primi decenni del XX ospitava i pellegrini. P. Doroteo organizzò un evento per intitolare il nuovo istituto bibliotecario a p. Antonio Maria Fania di Rignano Garganico benemerito dell’ordine serafico per il suo instancabile impegno nel riorganizzare gli studi. P. Diomede Scaramuzzi tenne l’orazione inaugurale; fu preparata anche una lapide commemorativa dell’avvenimento che, però, non fu mai collocata. Il giornale Avvenire dedicò all’avvenimento un lungo articolo in cui si parlava delle vicende che avevano privato nei tempi passati S. Matteo della sua biblioteca, degli sforzi fatti per adattare i locali semidistrutti alla nuova funzione. Si riassumeva anche il discorso inaugurale di p. Diomede Scaramuzzi. Benedì la biblioteca il provinciale, p. Agostino Castrillo, accompagnato dal custode della provincia, p. Ippolito Montesano.
Inaugurando la nuova biblioteca, p. Doroteo intendeva presentare agli ambienti culturali della Capitanata una proposta il cui punto di forza avrebbero dovuto essere le fonti del pensiero e della storia francescana. Alla riunione era presente anche il prof. Pasquale Soccio. Il progetto di p. Doroteo rimase sepolto nelle pesanti prospettive che le traversie belliche aprivano.
Nell’ambiente dei frati, poi, il concetto di biblioteca si coniugava esclusivamente nell’ambito della vita interna come supporto dell’azione puramente formativa.
L’entusiasmo con cui nel 1944 fu fondato il bollettino dei giovani frati studenti, Granum Sinapis, poteva far pensare che anche per la biblioteca fosse arrivato il momento di crescere nello scambio e confronto con altri ambienti culturali.
Purtroppo l’idea di una biblioteca intesa anche come strumento di intervento qualificato secondo un vecchio adagio medievale Monasterium sine armario, quasi castrum sine armamentario allora non faceva parte del bagaglio culturale ordinario dei frati. I tempi non erano ancora maturi. La biblioteca non fu mai aperta effettivamente al pubblico, però il seme era stato collocato in un terreno potenzialmente fecondo.

Dopo le drammatiche distruzioni della guerra il tema “Biblioteca” guadagnava terreno, aiutato anche dalla volontà di rinascere. Già in quei tempi eroici la nostra biblioteca negli ambienti culturali laici veniva intesa come un elemento importante capace di concentrare gli interessi culturali del territorio e, nello stesso tempo, favorire la naturale vocazione del santuario ad essere un punto di irradiazione.
Si avvertiva, inoltre, la necessità di una presenza culturale religiosamente qualificata nel territorio della Capitanata. Una biblioteca ecclesiastica ben fornita e amministrata era necessaria non solo per sopperire alle necessità dei ricercatori, ma, soprattutto, per favorire lo sviluppo culturale del territorio garganico rimasto isolato per secoli. Le urgenze del momento non consentirono la realizzazione del progetto di p. Doroteo Forte e degli amici di S. Matteo.

Trascorsero altri venti anni e finalmente la fraternità costituita dopo il 1963 avvertì che i tempi erano maturi per un nuovo corso. L’occasione venne dalla stessa biblioteca. I libri erano cresciuti e i locali nei quali erano conservati non erano più adeguati. Il tetto, continuamente esposto alle tempeste invernali, era pieno di fessure, l’acqua penetrava e disfaceva le vecchie mura. Era necessario intervenire.
I locali furono rimessi in ordine e istallati nuovi scaffali; i fondi librari antichi e moderni furono riordinati, le nuove raccolte integrate con quelle già esistenti.
Ma anche dopo i lavori rimasero notevoli difficoltà perché si potesse realizzare una effettiva e non saltuaria apertura al pubblico. La biblioteca rimase confinata all’ultimo piano lato nord. Particolarmente esposta alle intemperie, per buona parte dell’anno il freddo intenso la faceva da padrone. Gli studiosi dovevano entrare in convento, attraversarlo tutto accompagnati da un frate. L’organizzazione interna del convento, inoltre, non prevedeva una figura che avesse competenza giuridica e tecnica adeguata. La biblioteca, pur essendo cresciuta in molteplici piste di interesse e fosse già pronta per affrontare il rapporto paritario con Istituti e studiosi dalle estrazioni culturali più eterogenee, dall’organizzazione interna era trattata come una qualsiasi bibliotechina conventuale o familiare, priva delle competenze scientifiche e organizzative adatte alla bisogna. La conclusione fu che ancora per qualche anno la biblioteca fu utilizzata raramente.