L’idea della nuova biblioteca prese forma a S. Matteo verso il 1966 ma già da qualche anno se ne stavano tracciando le linee portanti.
Gli amici laici, che dal ritorno dei frati avevano seguito con crescente interesse il progressivo consolidamento del ruolo del convento in rapporto al territorio garganico, fecero notare alla fraternità religiosa che la mostra del libro garganico e gli altri eventi culturali del XIV centenario avevano evidenziato che il convento, con la sua lunga storia come abbazia benedettina e cistercense, i collegamenti con le popolazioni del Gargano, i suoi rapporti con papi, re, imperatori ecc. e, infine, con l’ingresso dei frati minori osservanti, da oltre un millennio, era al centro
di un processo storico-religioso, tuttora in atto, con la complessa geografia del promontorio e dell’intera Capitanata.
Nacque, così, l’idea di rendere visibile questa unità storica attraverso la biblioteca immaginata come momento di sintesi e di rilancio degli studi riguardanti la storia civile, religiosa e francescana del Gargano e della Daunia.
Con l’aiuto dei giovani frati studenti di filosofia si cominciò a trasferire i libri dalla vecchia alla nuova sede. Il responsabile della biblioteca era p. Antonino Mariella, fresco di laurea e diploma in biblioteconomia presso l’Università Cattolica del Sacro Cuore a Milano, era professore di lettere moderne nel liceo filosofico di S. Matteo e nell’istituto magistrale di S. Giovanni Rotondo. Aiutato da alcune sue alunne di San Giovanni Rotondo, iniziò il lavoro di sistemazione dei libri e di schedatura.

Verso il 1969 p. Antonino Mariella stilò un programma che ebbe il provvisorio benestare dal provinciale. Si fecero la prime esperienze. Prima del capitolo provinciale del 1970 la biblioteca già funzionava come centro di raccolta dei fondi bibliotecari conservati nei conventi della provincia di Foggia che non avessero una funzione per gli studi o per la pastorale. Furono trasferiti i libri del convento di S. Maria delle Grazie in Manfredonia, di S. Antonio a Biccari, di S. Maria Maddalena in Castelnuovo Dauno, Gesù e Maria a Foggia.
Il capitolo provinciale celebrato a Sepino nel giugno 1970, presieduto da p. Angelo Marracino approvò questa linea e decise di estendere a tutta la provincia monastica la metodologia sperimentata a S. Matteo istituendo tre biblioteche provinciali, una per ciascuna provincia civile, che rispettassero le specificità storiche e culturali delle varie tradizioni locali. Per la provincia di Campobasso si scelse il convento di S. Giovanni dei Gelsi, per quella di Bari si optò per il convento della Madonna della Vetrana a Castellana-Grotte, e per la Capitanata si confermò S.
Matteo. Il nuovo organismo doveva tener conto anche dello sviluppo storico delle varie famiglie religiose, operanti in regioni culturalmente diverse, le quali nel 1897 avevano dato vita all’attuale provincia monastica di S. Michele Arcangelo di Puglia e Molise. Si decise anche di trasferire nelle dette biblioteche i fondi librari scampati alle soppressioni ottocentesche e lasciati a guardia dei vecchi conventi in balia di topi e tarme.
Fu istituito anche un organo di coordinamento chiamato Bibliotecario Provinciale.
E per la prima volta l’argomento biblioteche ebbe il suo posto tra le relazioni presentate al capitolo provinciale.