Nell’ultimo decennio del sec. XVIII iniziò la decadenza del convento. Anche il ruolo che i religiosi avevano ricoperto nella chiesa e nella società era fortemente in crisi. Si parlava chiaramente dello spropositato numero di ecclesiastici nel Regno delle Due Sicilie; si metteva in evidenza la loro estraneità ai dibattiti culturali, politici ed economici del tempo. Pochi frati erano coscienti dei rapidi cambiamenti che si stavano maturando in campo politico e culturale; fra questi p. Michelangelo Manicone e i suoi colleghi dello Studio Generale di Gesù e Maria in Foggia, evidenziavano le debolezze con cui i religiosi affrontavano i nuovi tempi.
C’era, poi, la vecchia questione della dipendenza feudale del Regno di Napoli dalla Santa Sede. Le idee tardo gianseniste facevano breccia tra i vescovi, da sempre fortemente critici della esenzione dei religiosi ritenuti spesso estranei dalle problematiche pastorali dei territori. Si aggiungeva la politica giurisdizionalista del governo napoletano tesa a sottrarre i religiosi dalla direzione dei loro superiori istituzionali, e sottoporli alla giurisdizione dei vescovi e, in definitiva, a controllarne la vita e l’azione.
S’iniziò il 1 settembre 1788 col decreto con cui Ferdinando IV regolava nei minimi particolari la vita monastica. L’arrivo dei francesi, nel 1806, portò alle
estreme conseguenze la nuova mentalità: i religiosi erano inutili alla chiesa e pericolosi per la società. Tanto Voltaire affermava nel suo Dictionnaire philosophique prima della rivoluzione francese: i monaci sono pericolosi perché col voto di castità, non fanno i figli che servono alla Francia per ingrandire gli eserciti da utilizzare per le nuove conquiste coloniali. Nel Meridione d’Italia le cose si affrettarono col regno di Giuseppe Bonaparte e di Gioacchino Murat. Nel mese di dicembre del 1806 Giuseppe Poerio, primo intendente della Capitanata e del Molise, convinto che “i religiosi agiscano subdolamente perché hanno presentimento di una vicina riforma” ordinò una minuziosa indagine sullo stato personale ed economico di monasteri e conventi. Nello stesso mese di settembre il vicario generale di San Marco in Lamis, don Carlo De Carolis chiese per iscritto al guardiano del convento di S. Matteo notizie sul numero dei frati e sulle rendite catastali del convento.

La risposta del padre guardiano, fra Giancrisostomo da Manfredonia, detta in piena e trasparente verità, non s’inseriva per nulla in uno dei tanti quadri entro cui le ideologie correnti ponevano i religiosi francescani. Se dall’esterno si restava abbagliati dalla dovizia delle risorse, dalla forza propulsiva della fraternità, e dall’insieme della popolarità di cui erano circondati, l’analisi condotta sulla base delle richieste di Giuseppe Poerio portava a conclusioni sconcertanti. Il convento non aveva alcuna rendita. La sua ricchezza era esclusivamente frutto del lavoro dei frati e dell’antichissimo rapporto con contadini e transumanti. Tra l’altro, aggiungeva fra Giancrisostomo, non solo si assicurava decorosa vita alla numerosa famiglia di frati, ma anche, ogni giorno, si distribuiva vitto sufficiente a venti poveri. Il convento di S. Matteo, concludeva, forniva vestiario a tutti i frati della provincia monastica e copriva tutte le altre spese della Provincia.
I francesi capirono l’antifona e, pur determinando la soppressione dell’Ordine dei Frati Minori, lasciarono aperto, insieme ad altre case religiose, il convento di S. Matteo. I frati furono sottratti alla giurisdizione dei loro superiori e messi alle dipendenze dei vescovi. Pur reputando inutili le corporazioni religiose, si preoccuparono della sorte degli individui rimasti senza casa e senza risorse. Designarono allora alcune case come conventi di “concentramento” per i frati rimasti senza dimora. S. Matteo non fu chiuso, e la sua fraternità crebbe