La presenza dei Frati Minori Osservanti nell’antico monastero di S. Giovanni in Lamis ebbe il suo inizio ufficiale nel 1578 in seguito all’accordo tra l’abate commendatario
del momento Vincenzo Carafa e il ministro provinciale frate Luigi da Nola. La convenzione fu approvata nel 1578 da papa Gregorio XIII col breve Exigit iniunctum.

I frati trovarono un rudere. I cistercensi ab immemorabili erano spariti; anche l’abate commendatario non frequentava più l’abbazia essendosi costruito un palazzotto
sul versante settentrionale del vasto catino in fondo al quale si stende l’abitato di S. Marco in Lamis. L’edificio è l’attuale municipio del paese ed è chiamato ancora Palazzo Badiale. Il vecchio monastero fu abbandonato a sé stesso.
Francesco Gonzaga nella sua opera , stampata nel De Origine Seraphicae Religionis1587, dice che l’abate commendatario, Vincenzo Carafa, chiamò i Frati Minori come custodi del monastero ne hoc sacrum monasterium … in Gargani montis solitudine aedificatum ,…derelictum, aliquando tandem collaberetur.

Anche il breve esecutivo della convenzione di papa Gregorio XIII motivava il provvedimento col fatto che domum dicti monasterii et illius ecclesiam ac alia aedificia ruinam minari. Il papa dice anche che i frati avranno il compito restaurare il culto divino come si conviene, ut par est. Gli hanno riferito, infatti, che ibi cultum divinum diu neglectum fuisse. L’urgenza di fermare il degrado delle strutture murarie è, quindi, resa impellente anche dal rischio di vedere il monastero completamente privato della possibilità di espletare la sua funzione religiosa.
La preoccupazione di Gregorio XIII di veder chiesa e convento minacciati da crolli e la constatazione che il culto divino diu neglectum fuisse, insieme all’attivismo dell’abate commendatario Vincenzo Carafa nel cercare nuovi conduttori della chiesa e del monastero, non furono, quindi, causati solo dalla necessità di salvare un edificio storico, che, dopo l’abbandono del commendatario, non aveva più una specifica funzione istituzionale in rapporto al grande territorio amministrato dall’Ente “San Giovanni in Lamis”. Si avverte dall’insieme delle testimonianze
che l’abbandono dell’edificio monastico aveva provocato disagio in un notevole numero di fedeli che rischiavano di essere privati di un importante punto di aggregazione religiosa.
Nella lunga storia del monastero, è la prima volta che un documento accenna a un suo ruolo eminentemente religioso, il quale, anche se i documenti non lo dicono apertamente, doveva essere vasto e popolare. L’interesse religioso della popolazione, inoltre, era fortemente caratterizzato dalla devozione all’apostolo ed evangelista S. Matteo, un santo di cui nessuno dei documenti conosciuti dell’abazia di S. Giovanni in Lamis ha mai fatto cenno. Era quindi una devozione di nuovo conio, anche se già consolidata.
Francesco Gonzaga nota che la devozione alla reliquia di S. Matteo ha provocato un afflusso di pellegrini talmente vasto e variegato che molti confondono il nome proprio dell’abbazia, “S. Giovanni in Lamis”, con quello del santo di cui sono devoti, e la chiamano tranquillamente “S. Matteo”.

Quod haud dubie in causa est, ut sacra haec aedes, modo divo Ioanni, modo vero B. Matthaeo, cuius etiam digitus in sacrario diligentissime asservatur, pro cuiusque arbitrio, dicetur, consecreturque.

In tutti i casi il cambiamento del nome era già un fatto saldamente attestato secondo la testimonianza del frate domenicano Serafino Razzi il quale, visitando i conventi domenicani del Gargano e della Capitanata, aveva visitato la chiesa nel 1583 chiamandola semplicemente S. Matteo.

Le preoccupazioni dell’abate commendatario, quindi, erano causate dall’urgenza di definire una emergenza religiosa da molto tempo in atto che aveva bisogno di più compiuta dedizione, di servizio meno aleatorio e, in prospettiva, di un progetto più organico.
Fino alla fine del sec. XVI i frati ebbero vita grama. In una Relatio ad Limina Apostolorum dell’arcivescovo di Siponto del 1595, il card. Domenico Ginnasio dice che i frati di San Giovanni in Lamis conducono vita pauperrima, e che nell’abitato di S. Marco in Lamis non è possibile celebrare neppure la messa festiva per mancanza di risorse minime.
Nei primi decenni del nuovo secolo le possibilità economiche migliorarono e i frati iniziarono un poderoso programma edilizio che interessò i sec. XVII e XVIII, una parte del sec. XIX, tutto il sec. XX e il XXI. Le date più importanti sono: 1634, 1676, 1760, 1838, 1926.
Un accenno indiretto alle prime modifiche si deduce da una raccolta di atti ufficiali riguardanti la famiglia osservante emanati dal governo generale dell’Ordine dei Frati Minori e della Santa Sede: il 1 settembre 1634 a Roma la Congregazione dei Religiosi concedeva il suo placet per l’erezione di ben due case di noviziato della Provincia Osservante di S. Angelo nei due conventi di S. Maria di Stignano e di S. Matteo, ambedue a San Marco in Lamis.

È lecito pensare che la decisione della Congregazione dei Religiosi facesse seguito a una richiesta inviata dalla Provincia dei Frati di S. Angelo, munita delle necessarie garanzie circa la possibilità di accogliere, e mantenere, un considerevole numero di giovani novizi. Si può credere, quindi, che il 1634 sia l’inizio di una serie di interventi che durò fino al 1676, data che segna la conclusione di grandi lavori iniziati all’inizio del sec. XVII. Matteo Fraccacreta racconta che “nel 1600 (i Frati Osservanti) vi alzarono il quarto dell’Abate, oggi del Guardiano col Dormitorio all’Ovest largo pal. 28, lungo 130”. Non sappiamo con certezza dove fosse collocato il “quarto dell’Abate”,
il dormitorio con grande probabilità era costituito dalla fila di camere, munite di largo corridoio, costruite sul lato occidentale, ultimo piano.
La seconda data è nota per un graffito tracciato su uno degli stalli del coro venuto alla luce durante i lavori di restauro eseguiti tra il 1987 e il 1989: Anno Domini 1676 frater Angelus a Macchiagodena XI Augusti. La data graffita segna con sicurezza il termine ad quem della costruzione del coro, l’ultimo di una nutrita serie di lavori, iniziati nella seconda metà del sec. XVII,
che ebbero come obiettivo il radicale ripensamento della chiesa.
La rimozione del coro ha messo in luce il primitivo ingresso della chiesa, un grande portale che s’apriva nell’estremità orientale della chiesa su cui era stato eretto il coro ligneo. I successivi lavori di restauro eseguiti dal 1998 al 2000 portarono alla scoperta dello spigolo meridionale della facciata visibile sia nel corridoio d’ingresso del convento, subito dopo il negozio dei souvenirs, sia dal porticato interno che si apre nel chiostro conventuale. Una parte del corpo della facciata, munita di un oculo, è visibile dal lucernario posto all’interno del convento.

Fino a tempi antecedenti il 1676 i devoti, arrivati sul piazzale, salivano una scala che li portava a un atrio oggi occupato dalla sala del presepio e del negozietto dei ricordi chiamato “telonio”. Saliti alcuni gradini, un grande portale li accoglieva in chiesa. La chiesa non aveva la volta. I lavori di restauro eseguiti tra il 1975 e il 1978 hanno portato alla scoperta delle basi di appoggio delle capriate a vista che reggevano il tetto.
I lavori chiusi nel 1676 mutarono radicalmente l’assetto della chiesa e del convento.
La chiesa ebbe una rotazione di 180 gradi. A oriente fu collocato l’altare e il coro. L’ingresso fu costruito ex novo sul lato occidentale del convento, che si apre sull’ampia valle dello Starale in fondo alla quale si adagia la città di San Marco in Lamis, con una monumentale scalinata che, partendo dal grande portale medievale sito nel lato occidentale dell’edificio, avvolgeva il vicino spigolo del convento e proseguiva lungo la facciata occidentale fino a un breve ballatoio su cui si apriva una porticina per l’ingresso in chiesa.

Oggi l’aspetto interno del portale medievale è nascosto dalla spalliera orientale del coro; di esso, guardando nella piccola nicchia con la statua di S. Michele posta al centro del coro, è visibile un breve tratto dell’arco. Dell’aspetto esterno non è rimasta traccia perché inglobato nella parete di sinistra del “telonio”. È rimasto tuttavia a vista lo spigolo meridionale della facciata, visibile dal corridoio vicino alla porta del “telonio”, e la parte superiore della facciata visibile dall’interno del lucernario del convento.
Dieci anni dopo la fine dei lavori, nel 1686, un francescano umbro, p. Agostino Mattielli, venuto nella nostra provincia religiosa come Visitatore Generale, tracciò nelle sue note di viaggio quel che potremmo definire un bilancio dell’attività edilizia svolta a S. Matteo in tutto il secolo XVII6. Dice che la chiesa è stata ristrutturata dai frati i quali l’hanno munita di bella volta e di una scala esterna per consentire l’ingresso ai fedeli. L’arredo è costituito da un altare maggiore in legno intagliato e dorato, un organo, tre altarini laterali e il coro di noce che il Mattielli definisce “bellissimo”. Il convento si presenta già con tutte le caratteristiche e buona parte dei volumi che conserverà sostanzialmente fino ai nostri giorni. Dal piano del cortile, cioè del chiostro, si ascende al piano superiore dove ci sono due dormitori con molte stanze e dieci celle per i novizi. I piani inferiori ospitano le officine. Il convento è dotato anche di un mulino a trazione animale, quattro cisterne e una neviera. All’esterno vi sono anche diversi recinti per gli animali.

Questo poderoso programma edilizio, portato a termine nel giro di circa settant’anni, fu reso possibile dalle mutate condizioni economiche del convento. Secondo la testimonianza dello stesso Mattielli, il complesso dei beni che l’ente Abbazia di S. Giovanni in Lamis continuava a produrre ammontava ad oltre tremila ducati l’anno; ma di questi neppure un ducato normalmente era speso per la manutenzione del convento. Se i primi trent’anni, secondo la citata testimonianza del card. Ginnasio, erano stati pauperrimi, il nuovo secolo, il XVII appariva per i frati di S. Matteo ubertoso di opere e di soddisfazioni anche economiche. Il Mattielli non esita a far capire che il complesso delle entrate del convento, frutto del lavoro dei Frati e della libera contribuzione dei devoti, era ben più importante delle rendite percepite dall’ ente badiale.
Probabilmente durante il sec. XVII fu realizzata una sequenza di camere sulle strutture modificate della sacrestia nel lato settentrionale del convento. Questo reparto fu adibito fino ai primi decenni del sec. XX a ospizio per i pellegrini diretti alla Grotta di S. Michele a Monte Sant’Angelo.

La sacrestia fu profondamente modificata con l’abbassamento dell’altissima volta gotica. Probabilmente nella seconda metà del sec. XVI la sacrestia era ancora il sacellum (P. Doroteo Forte) dove si conservava la reliquia di S. Matteo, secondo l’interessante cenno che ne fa Francesco Gonzaga nel 1587. Al tempo della visita del Mattielli, nel 1683, pur essendo stato adibito a sacrestia, il locale continuava ad ospitare la suddetta reliquia.
Negli ultimi anni del sec. XVII la chiesa subì ulteriori profondi mutamenti. Tra il 1692 e il 1719 furono eretti i quattro altarini laterali in pietra di Monte, il primo dei quali, dedicato a S. Antonio di Padova, chiuse il grande portale di comunicazione tra la chiesa e la sacrestia, mentre l’ultimo, del 1719, dedicato a S. Giovanni Battista, chiuse a sua volta l’entrata gotica che metteva in comunicazione la chiesa con il chiostro del convento.
Durante il sec. XVIII fu sostituito l’altare maggiore in legno intagliato, di cui parlava il Mattielli, con quello in marmi policromi in uso tuttora.
Nel sec. XVIII fu completato l’ultimo piano del convento che da quel momento assunse la forma quadrangolare che lo caratterizza oggi. Tanto sembra potersi dedurre dalla data posta sul finestrone che dall’ultimo piano si apre sul piazzale allo spigolo sud-orientale del convento: 1760. Probabilmente a quest’epoca risale la costruzione del bel loggiato porticato addossato al lato settentrionale del chiostro per una comunicazione rapida tra l’ala orientale e quella occidentale del convento.
Secondo la testimonianza del Fraccacreta, nella grande roccia intorno a cui è stata costruita l’abbazia, fu scavata la cisterna del chiostro. La sommità della roccia è tuttora visibile nel corridoio d’ingresso al convento.
I lavori di ristrutturazione del convento proseguirono anche nell’intervallo fra le due soppressioni ottocentesche. Dai decreti del ministro Generale dell’Ordine, Fr. Bernardino da Montefranco venuto nel 1859 per la visita canonica dei conventi della provincia francescana di S. Angelo, si deduce che buona parte degli ambienti dell’ultimo piano erano ancora costituiti da cameroni adibiti a dormitori.
La famiglia conventuale, infatti, già numerosa agli inizi del sec. XIX, con la soppressione murattiana, era ulteriormente cresciuta essendo S. Matteo identificato come convento di concentramento dei molti frati cacciati dalle loro sedi. I trenta frati presenti nel 1806 erano cresciuti a oltre sessanta. Finito il periodo della soppressione, S. Matteo era stato adibito a casa di studio; inoltre, era attivo il lanificio con circa quaranta frati addetti, fra tecnici, operai, frati questuanti e amministratori.

Tutta questa gente, costretta a vivere in spazi ristretti e privi della necessaria intimità, creava qualche problema. Per questo motivo il p. Generale, nei decreti promulgati nel capitolo provinciale da lui presieduto il 7 novembre 1859 nel convento della SS. Pietà a Lucera, ordinava che gli ambienti fossero riorganizzati con la costruzione di camere individuali.
La seconda fase dei lavori riguardanti la chiesa porta la data del 1838. I profondi cambiamenti chiusi nel 1676 avevano conferito monumentalità al convento, ma non avevano risolto tutti i problemi riguardanti l’accesso dei fedeli i quali, arrivati sul piazzale, erano obbligati a costeggiare l’intero lato settentrionale del convento battuto d’inverno da gelidi venti, e salire la scalinata della chiesa resa spesso impraticabile dall’accumulo di neve e di ghiaccio. Era necessario un ingresso visibile, immediato, di facile accesso e che fosse adeguato alle necessità dei pellegrini.
Si decise di aprire l’ingresso del convento dal piazzale. Si costruì una bella scalinata che terminava in un’ampia piazzola munita di seditoio, che fino al 1968 si estendeva lungo i quattro lati, simile allo scomparso sagrato semicircolare costruito dinanzi alla chiesa di Stignano. La scelta fu motivata dalla necessità di dare alle numerose comitive di pellegrini che venivano a piedi dall’Abruzzo e dal Molise, un primo riposo dopo il faticoso tratto di strada da Stignano a S. Matteo.
Sulla piazzola fu aperto un grande portale che immetteva nel corridoio settentrionale del chiostro in fondo al quale si apriva la porta interna della chiesa.
Il nuovo ingresso, aperto nel 1838, ha avuto anche la funzione di conferire maggiore ordine e sistematicità agli spazi conventuali distinguendo nettamente i reparti destinati alla vita individuale, posti all’ultimo piano dell’edificio, dagli ambienti dedicati alla vita della fraternità, la chiesa, la sacrestia, il refettorio, siti tutti al primo piano, e da quelli adibiti alle attività lavorative, come il lanificio, i magazzini, gli ovili, le stalle dei cavalli, tutti posti al piano terra.