La storia della biblioteca di S. Matteo segue tutto l’itinerario di crescita del convento adeguandosi ai suoi molteplici ruoli di convento francescano e di santuario inserito in un percorso religioso millenario coinvolgendo popolazioni di più regioni. La biblioteca ha assunto motivazione e vigore dall’impegno religioso del convento, divenuto nel tempo anche culturale e civile.

Della biblioteca esistente nel 1866, al momento della soppressione si erano salvati solo 144 opere con circa 200 volumi. La ricostruzione del 1905 presentava la biblioteca con un magro fondo di 250 volumi.
In seguito lo studio di teologia si consolidò, i frati tornarono a camminare per i territori della Capitanata per corsi di predicazione, conferenze ecc. e le condizioni economiche migliorarono. La biblioteca rappresentò una voce importante nel magro bilancio della fraternità di S. Matteo e si arricchì mantenendo la sua caratteristica iniziale di biblioteca di istituto di teologia.

P. Doroteo racconta che intorno al 1927, quando dimorava a S. Matteo come studente di teologia, la biblioteca era ricca di circa 3.000 volumi conservati in due stanze al piano superiore.
Nel 1939, essendo guardiano del convento p. Tommaso Pagano, su interessamento del presidente dell’amministrazione provinciale di Foggia, il sammarchese dott. Giustiniano Serrilli, ci fu una crescita notevole con l’arrivo di un grosso fondo costituito da libri già appartenuti al convento di Stignano. I frati avevano dimorato a Stignano fino al 1915, con lo scoppio della prima guerra mondiale anche i frati di Stignano, insieme a tanti altri, partirono per il fronte. Il padre provinciale dell’epoca, p. Anselmo Laganaro, fu costretto a chiudere la fraternità e il convento rimase abbandonato a se stesso.
Il dott. Serrilli, allora presidente della provincia di Foggia, recuperò i libri della biblioteca aspettando tempi migliori che arrivarono, appunto quando la biblioteca fu aperta a S. Matteo. I libri di Stignano non furono mai integrati nei beni demaniali. P. Doroteo, che faceva parte della fraternità conventuale, ricorda di aver aiutato a scaricare il camion e a disporre i libri negli scaffali. La biblioteca arrivò a 15.000 volumi.
Queste accessioni mutarono le caratteristiche della biblioteca che si trovò aperta ad interessi culturali più ampi e divenne, quindi, oggetto di sempre maggiore interesse fra gli studiosi laici.
Nel 1940 p. Doroteo Forte era guardiano del convento. Predicatore stimato, dotato di ottima cultura teologica e umanistica, di grande capacità di tessere rapporti col mondo laico, dalla parola fluida e convincente comprese che la biblioteca poteva servire ai frati, ma essendo cresciuta anche in funzione delle presenti e future necessità culturali dell’ambiente umano che circondava S. Matteo, offriva una preziosa occasione per instaurare con gli intellettuali dauni e pugliesi un forte rapporto di reciproca integrazione. Comprese anche che la biblioteca costituiva per la fraternità di S. Matteo un compito e una responsabilità di tipo moderno che però affondava le sue radici nell’inizio stesso della storia francescana.
La funzione di santuario sarebbe cresciuta qualificandosi anche come centro di formazione e di studio.
Nel 1942 l’istituto di teologia fu trasferito a Molfetta e Biccari. Il 22 novembre del 1942 a S. Matteo fu portato il liceo filosofico della provincia. Naturalmente la biblioteca fu adeguata alla nuova funzione e così crebbero le sezioni librarie di letteratura italiana, latina e greca, le sezioni storiche, filosofiche e scientifiche.
Nello stesso tempo si arricchì di molte opere dei maestri francescani.