Francesco era devotissimo di S. Michele. Si narra che, giunto alla sacra Grotta, ebbe un attimo di esitazione. Aveva desiderato a lungo quel momento, ma ora si sentiva indegno di calcare con i suoi poveri piedi la roccia santificata dall’orma dell’Arcangelo. Poi, spinto dai compagni, varcò la soglia della spelonca, ma non volle più oltre proseguire. S’inginocchiò e baciò la roccia in un angolo riposto dove s’ergeva uno spoglio altarino dedicato alla vergine e martire Lucia. Si racconta che il bacio restò per sempre impresso sulla pietra a ricordo della salita del santo alla santa montagna del Gargano. Tanto e molto più con devozione si racconta. Da allora l’Ordine Francescano restò legato per sempre a questa montagna brulla e aspra, odorosa e forte, lanciata come una invocazione fra mare e cielo.

Nel 1217 furono istituite undici provincie, in seguito chiamate Provincie Madri dell’Ordine, di cui cinque all’estero e sei in Italia. Fra queste anche la Provincia Apuliae che comprendeva i conventi dell’intera Puglia, del Molise, dell’Abruzzo meridionale e della Basilicata orientale. Nel 1239 fu fondata la Provincia di Sancti Michaelis Arcangeli in Monte Gargano, comprendente i conventi siti nell’attuale Provincia di Foggia, di Campobasso e Isernia nel Molise e di alcune località della Basilicata. Già nella prima metà del sec. XIII sul Gargano sorsero i conventi di S. Giovanni Rotondo, di Monte Sant’Angelo, Peschici, Ischitella, Cagnano, Vieste, Manfredonia e Apricena. Alcuni di questi conventi si fregiano di antiche tradizioni che attribuiscono la loro fondazione allo stesso S. Francesco. Tradizioni locali vogliono che anche i conventi di Foggia e Isernia, siano stati fondati dal santo.
Gli studiosi sono concordi nel dire che qualcosa di vero esiste. Sarebbero il segno della particolare antichità di questi conventi, tutti risalenti al periodo immediatamente successivo alla morte del Santo avvenuta nel 1227. Già prima che s’insediassero i frati, sul Gargano e nella Daunia la devozione a S. Francesco era molto diffusa, e non mancavano i miracoli. Nel Trattato dei miracoli fra Tommaso da Celano narra di un fanciullo abitante di un borgo della Capitanata, giocando con i compagni in campagna, cadde in un profondo pozzo che si apriva nel terreno senza alcuna protezione. Mentre precipitava invocò S. Francesco. I soccorritori, chiamati dagli amici, lo trovarono calmo e sereno seduto sulla superficie dell’acqua. Raccontò che S. Francesco gli aveva teso la mano sorreggendolo sull’acqua fin quando non arrivarono gli aiuti. Il borgo si chiamava Celano. Certo non è l’attuale Borgo Celano, ma niente ci vieta di pensare che il miracolo sia accaduto nelle vicinanze del Monte Celano.
Palmerio de Monte Gargano, un omone rustico e gentile, di grande giovialità e trascinatore nato, è il primo frate minore garganico di cui si conosce il nome. Lo troviamo nel 1221 ad Assisi, a Santa Maria degli Angeli, nel Capitolo generale detto delle stuoie, mentre recluta i frati da mandare in missione in Germania dove, dopo qualche anno fu eletto guardiano, cioè superiore del convento di Magdeburgo.

Tra il XIV e XVI secolo la geografia religiosa del Gargano e della Daunia cambiò fisionomia. La presenza benedettina fu sostituita da altri insediamenti francescani che si aggiungevano a quelli già operanti fin dalla prima metà del sec. XIII. Il Gargano fu ricoperto dalla mistica rete di conventi da cui partivano frati predicatori, insegnanti, questuanti per evangelizzare, confessare, confortare, visitare gli infermi e i carcerati, aiutare i parroci, collaborare con i vescovi. Presto furono familiari nelle campagne e nelle città. I loro conventi furono luoghi di preghiera e di pacificazione, ma anche di cultura e laboratori operosi.
Non mancavano problemi. Nel 1245 il papa Innocenzo IV inviò una lettera ai vescovi di Napoli, Messina e Siponto in cui si davano disposizioni su alcuni abusi che si perpetravano nei confronti dei Frati. Ma anche qualche frate zoppicava con ambedue i piedi. L’Ordine era cresciuto rapidamente e non sempre i nuovi frati erano scelti con la dovuta oculatezza. S. Bonaventura, eletto Ministro Generale, scrisse una lettera in cui richiamava i Ministri Provinciali a un maggiore discernimento.
A cominciare dal sec. XIV dal primitivo ceppo nato dal cuore di S. Francesco, sorsero altre famiglie francescane che colonizzarono a ondate successive il Gargano e la Daunia. Ognuna di esse aveva le sue caratteristiche e i suoi campi di azione. Ognuna offriva al Popolo di Dio qualcosa di specifico e altamente qualificato. Tutte fondarono in Puglia i loro primi insediamenti mettendoli sempre sotto il patrocinio di S. Michele in monte Gargano.

Iniziarono gli Osservanti. Nati nel 1368 da una idea riformatrice del Beato Paoluccio da Trinci; arrivarono a Lucera nel 1407 dove il Beato Giovanni da Stroncone fondò il convento di San Salvatore. Tra il 1415 e il 1472 seguì una nutrita schiera di conventi nel Molise e nella Capitanata meridionale. Alla fine del sec. XV i Frati Minori Osservanti entrarono in possesso del convento di S. Francesco a Ischitella. Nel 1517 il papa Leone X separò definitivamente le due famiglie francescane dei Conventuali e degli Osservanti che divennero due organizzazioni autonome.
Agli inizi del ‘500 nacquero i conventi osservanti di Gesù e Maria a Foggia, S. Maria delle Grazie a Manfredonia, S. Antonio a Deliceto, la SS. Pietà a Lucera, S. Maria di Stignano a S. Marco in Lamis. Uno degli ultimi del sec. XVI, 1578, fu S. Matteo a S. Marco in Lamis.
Nei primi decenni del ‘500 nacquero nuove famiglie francescane. La prima fu quella dei Cappuccini, eretta a provincia autonoma nel 1528. Nel giro di un secolo e mezzo i Cappuccini fondarono case in tutta la provincia di Foggia e del Molise. Sul Gargano ebbero conventi a San Giovanni Rotondo, Rodi, Vico Garganico, Manfredonia, Monte Sant’Angelo e Vieste. Nella famiglia cappuccina fu sempre rigoglioso il fiore della santità. S. Camillo De Lellis recandosi dal convento cappuccino di Manfredonia a quello di S. Giovanni Rotondo, nella Valle dell’Inferno si riebbe dal sonno dell’anima e trovò la strada di Dio. A San Giovanni Rotondo crebbe il giglio purissimo di S. Pio da Pietrelcina.

Nel 1532 ad opera di Fra Francesco da Iesi e Fra Bernardino da Asti ebbero vita i Frati Minori Riformati. Dapprima occuparono alcuni conventi osservanti del Molise e S. Salvatore a Lucera, in seguito si estesero all’Irpinia e al Sannio beneventano. Nella Capitanata fondarono il convento di Ascoli Satriano, Sant’Agata di Puglia e Monteleone di Puglia; sul Gargano furono presenti a Sannicandro Garganico e a Cagnano Varano.
I Frati Minori Conventuali ereditarono la maggior parte dei conventi della prima generazione francescana: Manfredonia, Foggia, S. Giovanni Rotondo, Monte Sant’ Angelo, San Severo, Lucera, Apricena, tutti dedicati al Patriarca S. Francesco; a questi in seguito si aggiunse Sant’Agata di Puglia. Oggi i Conventuali sono rimasti a Lucera in cui risplende la santità del Padre Maestro San Francesco Antonio Fasani e del Beato Antonio Lucci, e a Monte Sant’Angelo dedicato al ricordo di S. Francesco pellegrino alla Grotta dell’Arcangelo Michele. Durante il sec. XVI nacquero in Spagna i Frati Minori Alcantarini i quali, però, sul Gargano non furono mai presenti con loro conventi.
Lo spirito francescano fu vissuto intensamente anche da numerosi laici di ogni stato e condizione. Già alla metà del sec. XIII il Terz’Ordine della penitenza, fondato da S. Francesco, era presente in tutte le città e ambienti della Capitanata. Alcuni terziari conducevano vita comune ed emettevano i voti. Si ricorda Jacobella di San Giovanni Rotondo che, insieme alla Beata Antonia da Firenze ed altre sorelle, alla metà del sec. XV in Abruzzo diedero vita a una comunità monastica. Ricordiamo anche che nel Santuario della Madonna di Cristo, tuttora attivo, sito in agro di Rignano Garganico, tra la seconda metà del sec. XVI e il 1652 fu attiva una fraternità del Terz’Ordine Regolare di S. Francesco.
Anche le sorelle clarisse nei passati secoli furono presenti in gran numero sul Gargano, in particolare a Monte Sant’Angelo e a Manfredonia.
Oggi la presenza francescana in Capitanata e sul Gargano, anche se non nella intensità dei secoli passati, è attiva e vitale. Le famiglie degli Osservanti, dei Riformati e degli Alcantarini non ci sono più perché nel 1897 furono riunite sotto la denominazione di Ordine dei Frati Minori. Insieme a questa famiglia restano in vita anche i Frati Minori Conventuali e i Frati Minori Cappuccini e il TOR Terz’Ordine Regolare di S. Francesco.