La presenza dei Frati Minori a Rodi la si fa risalire al 1216, data della prima visita di S. Francesco al Gargano. Il convento fu officiato dai Frati Conventuali fino alla soppressione di Innocenzo X nel 1652. Del primitivo convento non è rimata traccia alcuna.

La presenza francescana fu tuttavia assicurata dai Padri Cappuccini i quali fondarono il coro convento nel 1538 col consenso e la benedizione del Card. Giovanni Maria del Monte, allora arcivescovo di Siponto e in seguito Papa col nome di Giulio III.

La fabbrica del convento ebbe qualche difficoltà fin quando, nel 1600 Cesare San Felice, Duca di Rodi con i propri beni lo completò e ingrandì.

Fu abitato sempre da frati laboriosi e santi. Chiuso nel 1811, fu riaperto con la Restaurazione qualche anno dopo.

Fu ancora chiuso nel 1866 dal Governo del nuovo Regno d’Italia. Da allora ebbe alterne vicende; in alcuni periodi fu custodito ancora dai Cappuccini.