Francesco, recandosi per la prima volta al Gargano nel 1216 secondo la diffusa leggenda garganica, ebbe in dono dal Conte Matteo la chiesetta dedicata a S. Michele sita nel villaggio di Ischitella. Ivi fondò il convento che porta il suo nome.

Il santo piantò un cipresso il cui monumentale tronco fa ancora bella mostra di sé dinanzi sul piazzale della chiesa.

Per quattro secoli fu curato dai Frati Minori Conventuali.

Non si sa quando i Frati Conventuali partirono da Ischitella né si conoscono le circostanza in cui prima del 1509 il convento passò ai Frati Minori Osservanti.

Fu soppresso dal governo francese nel 1811.

Riaperto nel 1817, fu definitivamente chiuso con la soppressione post unitaria del 1866.