Secondo la tradizione il primo convento francescano fu fondato a Siponto da S. Francesco nel 1216 durante la sua prima visita al Monte Gargano. Nel 1348, condotto dai Frati Minori Conventuali, fu trasferito a Manfredonia.

Nel 1458 i Frati cedettero alla diocesi di Manfredonia la vicina chiesa di S. Maria Novella e l’annesso terreno di loro proprietà perché vi si costruisse il Duomo della città. Fiorì in questo convento, nel sec. XVII, il Servo di Dio Fr. Francesco Antonio Boccoli. Il convento fu chiuso nel 1809 su ordine del governo dell’epoca.

Nel 1505 in località La Pace, ad est della città sulla strada che porta a Monte Sant’Angelo, fu costruito il convento di S. Maria delle Grazie dei Frati Osservanti. La casa fu devastata dai Turchi nel sacco del 1720 e ricostruita all’interno della città, addossata alle mura, sulla Via delle Tribune. Nel sec. XVIII l’antica abbazia di S. Leonardo di Siponto fu affidata ai Frati Minori Osservanti che la custodirono fino alla soppressione francese del 1806.

A S. Leonardo i Frati si dedicarono ai pellegrini e ai pastori abruzzesi transumanti. Tra l’altro conducevano l’ospedale annesso all’abbazia.

Nel frattempo, nel 1571, arrivarono anche i Padri Cappuccini che fondarono il convento di S. Maria delle Vittorie, in ricordo della battaglia di Lepanto vinta delle armate cristiane sui turchi; in seguito il convento fu ribattezzato in Santa Maria dell’Umiltà. Chiuso nel 1811 a seguito delle leggi soppressive, fu inglobato dal Comune nel nuovo cimitero di cui divenne la chiesa principale. Manfredonia ebbe anche una fiorente comunità di Clarisse fondata nel 1592 dalla nobildonna Isabella De Florio che ne fu anche la prima badessa.

Durante il famoso sacco dei Turchi, nel 1620, gli assalitori rapirono una giovinetta affidata dalla famiglia alle monache perché la educassero. La ragazza, che si chiamava Giacometta Beccarini, fu venduta come schiava a Costantinopoli dove divenne la favorita del Sultano. Dopo qualche decennio, mentre navigava diretta in pellegrinaggio alla Mecca, nel pressi dell’isola di Creta fu catturata dai Cavalieri di Malta insieme al figlio Otman. Portata a Bari riabbracciò la religione cristiana. Il figlio divenne frate domenicano col nome di fra Domenico Otman e morì santo.

Il monastero fu chiuso dalla soppressione voluta dal nuovo Stato unitario nel 1866.

Il complesso monastico, ora Seminario dell’Arcidiocesi, è ancora parte notevole del patrimonio monumentale e artistico della Città.