Fu fondato, secondo la tradizione, dallo stesso Padre S. Francesco nel 1216. Condotto dai Padri Conventuali fino alla soppressione di Innocenzo X nel 1652. Cadde in abbandono e completa rovina. Il P. Arcangelo da Montesarchio nella sua opera Cronistoria della Riformata Provincia di S. Angiolo in Puglia, stampato a Napoli nel 1732 dice che su iniziativa e a spese di un non meglio identificato locale feudatario nel 1724 il convento fu ricostruito col titolo di S. Maria delle Grazie e dato ai Frati Minori Osservanti Riformati della Provincia di S. Angelo.

Nel 1732 la fabbrica non era ancora completa ed era abitata da 7 frati. Nel 1811 fu chiuso da Gioacchino Murat e riaperto nel 1815.

Una bella figura di frate originario di Cagnano fu P. Luigi da Cagnano per due volte Ministro Provinciale, nel 1829 e nel 1835.

Frate di grande spiritualità e cultura guidò la Provincia di S. Angelo in un momento difficile favorendo gli studi e la ripresa spirituale dei Frati.

Il convento fu chiuso definitivamente dal governo italiano nel 1866.