Tutte le famiglie francescane presenti sul Gargano hanno assunto l’Arcangelo Michele come loro simbolo e protettore. La sacra Grotta è per i Frati Minori un punto di riferimento spirituale irrinunciabile. Anche di questo convento, secondo la leggenda, il fondatore sarebbe stato lo stesso S. Francesco nel 1216. Il bel convento, dedicato a S. Francesco, è stato sempre custodito con attenzione e sconfinata devozione dai Frati Minori Conventuali che sono i custodi del ricordo del Santo Patriarca recatosi in pellegrinaggio alla Sacra Grotta nel 1216.

Di Monte Sant’Angelo è il primo frate francescano garganico: fra Palmerio di Monte Sant’Angelo. Nel 1595 fu fondato un convento cappuccino dedicato a S. Nicola di Bari, chiuso nel 1867 in seguito agli ordini di soppressione del Governo italiano.

Il 17 agosto del 1404 l’arcivescovo sipontino Niccolò II firmò il decreto con cui autorizzava e riconosceva il monastero delle clarisse fondato e costruito dal vir nobilis Antonio Poldeo. La prima badessa fu la figlia del fondatore, Lucia Poldeo. Il monastero ebbe grande importanza nella vita della città.

Nel 1461 fu devastato dalle truppe di Ferrante I d’Aragona. La soldataglia rapinò tutti i preziosi beni che la popolazione della città aveva affidato alle clarisse nell’illusione di salvarli. Le monache furono oggetto di unaudite violenze. Nonostante i momenti bui, il monastero prosperò ancora per qualche secolo. Sopravvisse sia al saccheggio delle truppe francesi nel 1799, sia alla soppressione di Gioacchino Murat del 1806, ma non alla legge italiana del 1866 che eliminava, tutti insieme, gli ordini e le Congregazioni religiose.