[...] I frati si facevano apprezzare per la vita densa di preghiera e di opere.
La storia ricorda fra Ludovico da Corneto 'formidabile nemico dei demoni, il quale, per la sua estrema semplicità e per la costante sua preghiera, ottenne da Dio enorme potere contro quelli'. Tra i secoli XVI e XVII il complesso santuariale e conventuale ebbe la sua attuale conformazione. Fu completata la chiesa con la cupola e il campanile. Fu rifinita la facciata della chiesa. Il convento, costruito intorno ai due chiostri porticati, venne concepito con ampie sale per i laboratori, i magazzini, la biblioteca, i luoghi di riunione. I dormitori, tutti posti al piano superiore, sono pieni di luce. Per circa tre secoli il convento divenne noviziato della provincia francescana di Sant’Angelo. Nel 1774 un 'monstrum horrendum marinum', forse un capodoglio, si spiaggiò dinanzi a Rodi Garganico. I rodiani cominciarono a fantasticare che un feroce drago venuto dal mare avesse tentato di assalire la città e portarono a Stignano due ossi del mostro per ringraziare la Madonna dello scampato pericolo. I due reperti, venerati dai pellegrini come reliquie, sono ancora in bella mostra nella sacrestia del santuario. Si disse poi che Satana, travestito da feroce creatura, aveva ingaggiato alle pendici del Gargano una furibonda battaglia con l’Arcangelo Michele. Del mostro non erano rimasti che i pochi ma imponenti resti esposti a Stignano a perenne ammonimento dei cristiani. Presso il convento c’era una speziaria importante e che distribuiva medicamenti a tutti i poveri che ne chiedevano, e i pellegrini trovavano sempre la porta aperta per portarsi i medicamenti. Per preparare gli unguenti utilizzarono anche il grasso di quel 'monstrum horrendum marinum' che era piaggiato a Rodi. Il declino del Santuario di Stignano iniziò con un incendio agli inizi del XIX sec. E nel 1862 quando venne chiuso dalle autorità a causa del brigantaggio allora imperversante.
La zona di Stignano, piena di anfratti, dirupi e foreste inestricabili divenne rifugio preferito di fuorilegge e grassatori. Il 15 aprile 1863, sotto il grande arco che unisce la chiesa alle antiche case dei pellegrini e del Barone di Rignano un colpo di fucile mise fine alla drammatica vita di Nicandro Polignone, uno dei capi briganti garganici. Fu chiuso definitivamente dopo le leggi che sopprimevano gli Ordini Religiosi. Riaperto per alcuni decenni tra la fine dell’800 e il primissimo 900, dopo iniziò per il glorioso santuario di Stignano un periodo buio e doloroso, che si concluse nel 1953 con la donazione del convento ai Frati Minori di Puglia e Molise da parte della famiglia Centola. Da allora sono stati fatti molti lavori di restauro e ristrutturazione. La chiesa ha ricominciato a funzionare.