I Francescani hanno fatto del convento S. Matteo un centro di studi. Sin dall'inizio, nella convenzione del 1578, si fa parola di un ridotto numero di chierici studenti. Nel diario di Mattielli, l'autore nota la presenza di novizi chierici.
Per il Settecento non vi sono testimonianze esplicite, ma data la gran moltitudine di frati di cui rigurgitava la Provincia Monastica, è facile pensare alla presenza di studenti.
Nell'Ottocento si ha una presenza intermittente. Durante il periodo della dominazione napoleonica non vi è studentato. Dal 1820 al 1863 il convento è una delle più importanti case di studio della Provincia Monastica. Chi dette maggior lustro al centro di studi di S. Matteo fu quell' “animatore e precursore” che risponde al nome di P. Antonio Fania da Rignano. Un vincolo particolarmente caro lo legava a detto convento: nativo della vicina Rignano, il primo contatto con i Francescani l'ebbe con quelli di S. Matteo; a 19 anni il giovane chiese di far parte dell'Ordine dei Frati Minori, compì l'anno di noviziato ed emise i voti religiosi proprio a S. Matteo. Da Ministro Provinciale (1835-1838), nel riorganizzare gli studi in Provincia valorizzò il convento facendolo assurgere a Studio Generale di II classe, con decreto del Ministro Generale P. Giuseppe d'Alessandria (Nota 99).

Le dolorose vicende causate dalla soppressione, con lo sfratto dei frati, impedirono ogni attività. Bisogna giungere al 1905, quando un altro giovane Ministro Provinciale P. Filippo Petracca rimise lo studentato, affidando l'insegnamento della Sacra Scrittura a P. Anselmo Laganaro, Lettore preparatissimo e rigido Prefetto degli studi, e l'insegnamento della Teologia a P. Diomede Scaramuzzi, che sarà, negli anni successivi, una delle figure più rappresentative della cultura francescana in Italia.
Altra battuta d'arresto si ebbe con la prima guerra mondiale. Un moto di ripresa si ebbe con il ritorno al governo della Provincia (1921-1927) dello stesso Petracca. Eccetto ancora qualche altra fase d'intermittenza (1927-1937), il centro di studi riprese la sua attività, sotto la cura dei Ministri Provinciali che si sono avvicendati e l'impegno di giovani Lettori e Professori usciti dagli Atenei di Roma, Napoli, Milano e Bari. Attualmente risente della grave crisi delle vocazioni, e la maggiore attività si svolge per il Santuario.
La casa di studio porta il discorso sulla biblioteca, che è uno dei mezzi indispensabili ad un'attività culturale.
Non si può escludere che l'ex abbazia benedettina abbia avuto i suoi monaci “scholastici” nel senso medioevale della parola, cioè coloro che si dedicavano allo studio e alla scuola, né si può escludere che detti monaci disponessero di codici e di “scrittorii”.

Per i quattro secoli di presenza francescana c'è da dire che sino alla fine del secolo XVIII non vi sono testimonianze dirette, dalle quali si possa dedurre l'esistenza di una biblioteca orga­nizzata a S. Matteo. Il fondo librario più antico, costituito da alcuni incunaboli, da cinquecentine e seicentine, che attualmente si trova a S. Matteo, è venuto dai conventi di Stignano, Ascoli e Foggia (S. Pasquale).
Prima del 1799, il nostro convento, come casa di studio, dovette avere certamente un fondo librario, ma ci sfugge la consistenza a causa dell'incendio dell'archivio (Nota 100), perpetrato, nel 1799, dalle truppe francesi di passaggio. Dopo l'incendio che cosa rimase? Nulla, eccetto la copia pergamenacea della cessione del monastero da parte di Carafa al Ministro Provinciale di Puglia. Del fondo librario pochissimi volumi.
Il primo inventario, che si conosce, è del 23 settembre 1806: “Notamento dei libri esistenti nella libreria del convento S. Matteo”, fatto dal Regio Luogotenente di S. Marco Gennaro De Luca, dal Parroco Michele Totta e dal Sindaco Donato De Theo: da esso risultano 112 volumi, in buona parte di materie teologiche e predicabili, non mancano opere d'indole storico-francescana, come alcuni tomi degli Annales del Wadding, l’Orbis Seraphicus, la Cronologia historico-legalis, le Cronache di Marco da Lisbona; notati pure cinque volumi del Vocabolario della Crusca. I libri furono lasciati in consegna al Guardiano P. Giancrisostomo da Manfredonia (Nota 101).

Da altro “Processo verbale” del 14 agosto 1808 si rileva: 'nella libreria di S. Matteo una scanzia con 151 volumi di libri diversi spezzati, croniche della Religione e predicatorii'.
Con l'elevazione a 'Studio Generale' i libri aumentarono. Che cosa avvenne nel marasma della soppressione, è difficile dire. Nel 1869 la libreria di S. Matteo contava 246 volumi (Nota 102).
Con il ritorno dei Francescani, essa venne progressivamente incrementata. Chi scrive ricorda di aver visto, nel 1927, la libreria collocata in due stanze del piano superiore, sistemata in scaffali che ricoprivano le pareti. Non molto diversa si presentava un decennio dopo.
Intorno al 1939, la biblioteca si arricchì di alcune collezioni (p. es. gli Annales del Wadding e successori, terza edizione), che erano nella Curia Provinciale dei Frati Minori in Foggia, e dell'intera libreria di Stignano.
La storia di quest'ultima libreria presenta aspetti fortunosi. Sfrattati i frati dal convento di Stignano nel 1862, murate letteralmente porte e finestre per ordine del Prefetto Del Giudice (Nota 103), i libri rimasero custoditi e difesi dalle mura e dalle tenebre.
Allorché furono riaperte porte e finestre, entrarono capre, caprai e briganti, ma i libri - non erano pasto per i loro denti - non furono toccati. Nel 1939 il Prof. Giustiniano Serrilli, 'un grassone tutto simpatia', Presidente dell'Amministrazione Pro­vinciale, fece trasportare i libri a Foggia nel Palazzo della Dogana, per salvarli da capre e briganti.
Il Ministro Provinciale P. Ermenegildo Cappiello rivendicò i libri, per collocarli nel convento S. Matteo. Giustiniano Serrilli, da buon Sammarchese, non mosse difficoltà, anzi fece mettere a disposizione un autocarro per il trasporto dei libri da Palazzo Dogana al convento S. Matteo. Chi scrive può darne testimonianza, avendo dato una mano all'operazione di carico e scarico dei libri.

Con le nuove accessioni, alla biblioteca di S. Matteo occorrevano nuovi spazi, fu allora che si decise di collocare i libri nelle stanze del cosiddetto Seminario al piano superiore. Nel 1942, con solenne cerimonia, in cui tenne il discorso ufficiale P. Diomede Scaramuzzi, alla presenza di autorità religiose e civili di S. Marco e di Rignano, la biblioteca venne intitolata a P. Antonio Fania da Rignano, come la figura più illustre nella storia della Provincia Minoritica di S. Angelo in Puglia, e il fervido animatore degli studi nell'Ordine dei Frati Minori. Lo storico Marcellino da Civezza scriveva: 'Nessuno più di P. Antonio promosse efficacemente gli studi in tutte le Province dell'Ordine' (Nota 104).
Negli anni successivi, sino ad oggi, i Ministri Provinciali e i Francescani di S. Matteo, ciascuno per la sua parte diretta o indiretta, hanno avuto particolare e concreta cura della biblioteca. Nuovi acquisti, nuove accessioni di libri provenienti da vari conventi della Provincia di Foggia, nuove donazioni da parte di enti pubblici e di persone private, hanno arricchito, in maniera consistente, il patrimonio librario.
Ritornava alla ribalta il problema dei locali, problema che sorgerà sempre per un organismo che cresce. Nel 1965 i Francescani di S. Matteo presero una decisione audace: trasformare le stalle e vari magazzini in locali per la biblioteca. Con cantieri di lavoro assegnati dal Ministero competente, con offerte di bene­fattori, con la tenacia dei frati, l'impresa è riuscita. La biblioteca “P. Antonio da Rignano” si presenta in bella veste nei locali restaurati (Nota 105).
Allo studioso attento che s'inoltra in quegli ambienti, tra archi possenti e robusti contrafforti, tra scaffali, bacheche e libri, giunge l'eco di un motto, la voce di un messaggio. L'antico motto benedettino: 'Ora et labora'.
Il messaggio di P. Antonio da Rignano:

Senza santità siamo perniciosi al Cristianesimo, senza scienza siamo inutili al mondo.