Nel medioevo l'espansione e la fioritura dell'Ordine Benedettino hanno una vivacità che stupisce. Nella Capitanata vi era un duplice genere di monasteri benedettini: alcuni, generalmente più piccoli, non erano che membra staccate di organismi più vasti, il cui capo era spesso lontano, erano le cosiddette Colonie o Grancie; altri più grandi vivevano in maniera autonoma, erano le vere e proprie Abbazie.
Secondo il benedettino Leccisotti,
“i primi possedimenti Cassinesi, in Capitanata, si riallacciano all'intenso movimento di pietà, che, nel secolo VIII, si sviluppò fra il popolo longobardo, in una misura mai più superata. Le prime donazioni fatte, in Capitanata, a Montecassino, le troviamo a Lesina, sin dall'anno 788" (Nota 1).
Intorno all'origine di detta abbazia, prima del Mille, mancano fonti sicure. Le ipotesi, finora formulate, poggiano su fabulose e spesso contradittorie tradizioni locali, non suffragate, quando non siano chiaramente assurde, da documenti giustificativi (Nota 2). Le leggende e gli errori introdotti nella tradizione impongono doverose riserve e cautele.
D'altra parte l'originale edificio del nostro monastero, essendo difficilmente ricostruibile, per il sovrapporsi, talora in maniera violenta, di elementi barocchi, non fornisce argomenti validi per fissare una data alla fondazione dello stesso monastero.
Stando alle fonti, finora conosciute, è storicamente certo che l'abbazia di S. Giovanni de Lama, nell'anno 1007, già esisteva ed era in piena efficienza e completa autonomia.