La gola di Stignano si apre per formare un'ampia conca carsica, dominata dal santuario di San Matteo. In questo scenario sorge San Marco in Lamis. La storia del paese è legata al santuario di San Matteo, una volta badia di San Giovanni in Lamis, alla cui ombra nacque e si sviluppo la città di San Marco, rendendo fervida e sonante d'opere la vita di questa valle. La badia sorse nel V secolo [mancano documenti che suffraghino questa data, NdR] all'epoca dell'apparizione dell'Arcangelo Michele, situato lungo la Via Sacra Langobardorum [Si tratta della 'Via Francesca', citata in alcuni documenti. Il termine che si riferisce ai Longobardi non esiste storicamente, NdR], che portava i pellegrini dalle località più lontane alla grotta dell'Arcangelo Michele, San Marco in Lamis è fin dall'antichità uno dei principali centri sacri del Gargano.
Il centro storico, la padula, di origini medievali, conserva angoli pittoreschi. Vezzi dell'architettura povera più antica sono i tetti a schiera ed i 'mugnali', singolari gradinate esterne con ballatoio. L'antica tradizione della lavorazione dell'oro è stata tramandata nelle botteghe dove gli orafi, con mazzetta, bicornia, filiera e punzone, cesellano fermagli e monili, creano pendenti e sustume, incastonano corniole e granati.
Nel territorio di San Marco si possono osservare diverse manifestazioni di carsismo, i pianori crivellati, le piccole doline, il vallone di Stignano, la grotta di Montenero. La grotta di Montenero si trova nei pressi del monte omonimo, vi si scende all'inizio quasi carponi e ci si inoltra per qualche centinaio di metri nelle viscere della terra in un mondo di stalattiti e torrenti sotterranei. Inestimabile patrimonio naturale è la defensa, estesa area boschiva interrotta dalla macchia e dalle pietraie.