Il convento è nato nel sec. VIII come monastero benedettino col nome di S. Giovanni in Lamis. Nel 1311 passò ai Cistercensi.  Nel 1578 fu affidato ai Frati Minori Osservanti della provincia di S. Angelo in Puglia. La devozione all’apostolo ed evangelista S. Matteo, di cui dal sec. XVI si conserva una reliquia, si diffuse in tutta la Capitanata, nel Molise, nell’Abruzzo e in Terra di Bari soprattutto tra gli agricoltori e i pastori. La devozione provocò, tra l’altro, il mutamento, de facto, del nome 'S. Giovanni in Lamis', rimasto come nome ufficiale, a 'Convento di S. Matteo' dei Frati Minori.