Il numero delle opere del Manicone, stando a quanto appare dagli “inediti” e dalla voce della tradizione, possiamo credere che doveva essere molto più largo. Solo ulteriori ricerche potranno accertare la quantità.
Ma perché il Manicone non ha dato alla stampa tutti i suoi scritti? Nel periodo in cui egli visse, l'Inquisizione faceva sentire ancora il suo influsso, tanto che a volte dire la verità era esporsi a “oggetto di calunnie, e ad essere gettato nelle prigioni(Nota 30), sebbene l'autore scriva che la "superstizione" aveva cessato d'incrudelire contro gli amatori della pura verità (Nota 31): mentre il Clero di Napoli aveva la mente illuminata per cui non c'era pericolo di persecuzioni...
Egli lascia le sue opere come testamento ai giovani, convinto che “solo la gioventù prenderà la sua parte, perché essa parteggia coloro che pensano. I soli giovani rendono testimonianza alle verità nuove; e ciò perché questi non sentono il puntiglio dell'invidia(Nota 32).
Dovette però sperimentare il potere dell'Inquisizione; se la Orazione di ringraziamento gli procurò molta amarezza: “Alcuni dei miei fratelli - egli scrive - mi hanno, ahimé, ascritto tra i felloni, mi han fatto reo ... mi hanno chiamato cieco nemico dello Scettro e dell'Incensiere(Nota 33). In un altro punto confessa che “la verità è sempre utile agli uomini, mentre sovente è nocevolissima a chi la manifesta. Essa è come una medicina, la quale giovando si fa detestare” (Nota 34).
Una cosa è certa, che il Cardinale di Napoli, Arcivescovo Spinelli, per invito di Papa Benedetto XIV, aveva o era in procinto di ristabilire nel Regno di Napoli il Tribunale dell'Inquisizione (Nota 35).
Il ricordo di Galilei, di Giannone ... è troppo vivo nella mente del Manicone; la prudenza gli avrà suggerito di attendere tempi migliori in cui i suoi scritti avrebbero potuto circolare liberamente.
La soluzione alla mancata stampa degli "inediti" potrebbe venire analizzando i rapporti del Manicone col Governo Borbonico?
Nei confronti di questo il Manicone, all'inizio della sua attività, fu ricco di entusiasmo; in seguito amante com'era di ogni libertà e sotto la spinta dei princìpi rivoluzionari, passati dalla Francia nel Regno di Napoli, prese un atteggiamento di ostilità contro il dispotismo.
Dopo lo scampato pericolo del febbraio 1799 a S. Severo, lo troviamo nel solitario convento di Ischitella, forse relegatovi da Ferdinando IV. Coinvolto nuovamente in reati politici per aver favorito il governo francese, nel 1815 fu condannato alla ghigliottina, secondo quanto riporta De Grazia (Nota 36), dal monarca Ferdinando, il quale poi lo graziò a premura del Principe di Ischitella, Francesco Emanuele Pinto.
Lo stesso De Grazia (Nota 37) ci riferisce un altro scontro tra Manicone e il vecchio re Ferdinando. Costui infatti nel 1821, durante i moti carbonari, riprese i processi a carico dei liberali, sul rapporto del ministro di polizia, Principe Canosa, e tra le tante sottoscrisse la sentenza di morte anche per il nostro Manicone; la sentenza non fu eseguita, ma il Manicone in cambio, dai dirigenti borbonici, venne fatto girare a frustate per Ischitella senza alcun rispetto della sua dottrina e del suo abito religioso.
“Fra gli atti di accusa contro il Manicone - prosegue il De Grazia - eravi quello d'aver dato rifugio al suo amico e conterraneo avvocato Domenico De Grazia, terribile carbonaro”.
E' certo che il Manicone era simpatizzante del movimento carbonaro, anche se non appariva tra gli iscritti alla vendita dei carbonari di Ischitella; ne ebbe lo spirito e lo diffuse nel paese (Nota 38).
Fonti sicure ci testimoniano che tra il Manicone e Ferdinando IV non correva buon sangue; già nel 1794 il Manicone ricevette da parte di Ferdinando il “veto” alla rielezione a Superiore Provinciale dei Francescani di Foggia; in quanto, secondo il dispaccio reale, si doveva “badare che gli elegendi fossero sgombri da qualunque macchia per causa delle passate calamità(Nota 39). Il motivo dunque di questo attrito tra i due era semplicemente di ordine politico.
Ma di che macchia intenda parlare Ferdinando è difficile precisare; sarà stato un motivo religioso? sociale? amministrativo? ideologico?
Manicone era uno spirito aperto, spregiudicato ed amante di ogni civile progresso, come lo dipinge il Checchia-Rispoli (Nota 40). Nelle varie opere egli scrive come avrebbe scritto un rivoluzionario del 1789: “Ai dì nostri il Facitor dei miracoli è l'Eroe della guerra e della Pace, è il Nume del Continente, è Napoleone il Grande. I suoi miracoli sono le sue vittorie e i suoi trionfi ne additano esser Egli il Favorito del Cielo(Nota 41). I suoi studi sempre profondi erano coordinati al fine nobilissimo di migliorare le condizioni dell'umanità (Nota 42). Purtroppo il mondo tradizionalista e dispotico dei Borboni era in netto contrasto con il suo impulso innovatore; da qui forse le opposizioni da parte del re Ferdinando.
Le varie ricerche personali fatte nell'Archivio di Stato di Napoli e Foggia non hanno avuto in merito nessun risultato. Eppure una conoscenza più documentata di questi rapporti Manicone-Ferdinando IV ci aiuterebbe a proiettare un fascio di luce sulla fine del Settecento e i primi anni dell'Ottocento con tutti i problemi connessi, specialmente sulle ingerenze dei Borboni nel pensiero dei più validi scrittori del Regno delle Due Sicilie e nell'ideale filantropico da questi proposto e difeso.
Gli ultimi anni della vita del Manicone restano nel buio; con certezza lo troviamo nel 1808 vicario del convento di S. Francesco in Ischitella (Nota 43); poi, secondo le notizie scritte e orali, la sua vita trascorre tra il romanzesco e il leggendario. Rifacendoci alle notizie inedite del canonico Miglionico più volte fu braccato dai briganti, che numerosi scorazzavano nel Gargano e famosi fino a pochi anni or sono; fu sempre tenuto d'occhio dalla Polizia Borbonica. Durante i Moti del 1820 sarebbe andato a Vico, sua patria, in qualità di Duce della Repubblica, investito di tutte le autorità; qui fece accomodare le strade della città e abbatté l'albero della libertà sostituendolo con quello della Croce (Nota 44).