Si devono proprio al periodo dell'insegnamento le sue varie pubblicazioni; in ordine cronologico appaiono prima i su menzionati Teoremi antropologici... stampati a Napoli nel 1773, e oggetto di pubblica disputa nella regal chiesa di Gesù-Maria della città di Foggia; opera a carattere filosofico e teologico il cui centro è l'uomo. In essa si vede già un tentativo di rinnovamento della filosofia incentrata tutta sui valori umani.
Appare poi una Orazione di ringraziamento, di cui egli parla così bene e spesso negli inediti, in nostro possesso. Nell'opera l'autore ringrazia il re Ferdinando IV per avere limitato 'il soverchio numero dei frati'. Eppure, egli dice, le leggi dell'augusto figlio del gloriosissimo e piissimo Carlo sopra i Regolari non favoriscono punto l'insolenza delle penne tinte di veleno” (Nota 14). In essa vi sono 'poche galanterie e assai verità interessanti'; fu questa che gli procurò 'censure e biasimi' (Nota 15). L'opera è databile ai primi anni del regno di Ferdinando IV (1751-1825), quando il governo era tenuto dal Ministro Bernardo Tanucci, di tendenze anticlericali. L'opera è andata perduta, però l'autore ne parla ripetutamente ne Il trionfo del Buon Senso.
Viene poi La Dottrina pacifica, edita a Napoli. Opera di carattere politico, in cui dà consigli a Re e Papi sul modo di governare i popoli. Tutto ciò che in essa è scritto, di pura e vera sostanza, è quanto oggi abbiamo nella pratica, dice il De Grazia (Nota 16). Fu proprio quest'opera ad immettere il Manicone nel mondo dei grandi scrittori. Basta dire che il Fraccacreta nel suo Teatro, lasciando sotto silenzio le varie opere del Manicone, ci riferisce una certa polemica, da parte di alcuni scrittori, sorta proprio contro 'la Dottrina pacifica' del 'degno p. Manicone o Lettor Vico' come egli lo chiama (Nota 17). Quest'opera noi non ancora abbiamo la fortuna di vederla; ma chi l'ha vista riferisce che in essa appare 'lo scrittore di vaglia, l'acuto politico, lo studioso sagace e affezionato, dalla cultura monumentale' (Nota 18).
“Nell'opera è affrontato il grande tema della pace, che per il Manicone non può essere senza la libertà, e la libertà senza la comprensione e la giustizia...” (Nota 19). 'L'opera parve ai Regnanti di Napoli addirittura rivoluzionaria: forse di qui le ostilità che il frate incontrò da parte del governo borbonico' (Nota 20).
Si potrebbe mettere intorno al 1780 l'opera inedita Il trionfo del Buon Senso, in sei libri in folio, con 86 capitoli. L'opera incompleta presenta una buona chiarezza; vi sono esaminati problemi di ordine filosofico, religioso, sociale; come dice lo stesso titolo l'autore vuol far vedere la vittoria del 'Buon Senso', della verità sull'ignoranza e sulla superstizione nella rassegna dei più grandi filosofi della storia.
A questa fa seguito immediatamente Il Breviario dei teologi in quattro tomi, con 10 libri suddivisi in 11 capitoli, anch'essa inedita; porta l'anno 1788. In questa domina per lo più il tema teologico con continui sconfinamenti nel campo politico e sociale; l'autore vi auspica un rinnovamento nello studio della teologia con un'apertura alle scienze naturali, le 'quali c'insegnano a leggere nel gran libro della natura' (Nota 21).
In quest'opera si fa accenno anche a certe 'Note' che egli avrebbe scritto per ribattere alcuni punti contestatigli.
Nel 1795 escono le Riflessioni chimico-fisiche sopra il cimitero di Vico Gargano edita a Napoli; l'opera non si trova; di essa si parla nella Fisica Appula (Nota 22).
L'attività scientifica non era la sola che assorbiva il p. Manicone; egli fu varie volte superiore, coadiutore nel governo della Provincia già dal 1776; nel 1790 veniva eletto Superiore Provinciale, carica che tenne fino al 9 gennaio 1794 (Nota 23). Alla scuola alternava l'oratoria; ma il suo grande amore era il “viaggiare”; la filosofia gli faceva intraprendere peregrinazioni per gli spaziosi campi appuli, per le scoscese rupi garganiche; faceva osservazioni locali e scriveva; i libri gl'insegnarono l'ampia via, le osservazioni gli additarono la vera strada.
Nel 1799 abbiamo una parentesi tragica nella vita del Manicone; lo troviamo assieme al vescovo della città, Gaetano Del Muscio, nella Rivoluzione di S. Severo tra Francesi e Borbonici. Manicone e Del Muscio per poco non ci rimisero la vita; per le loro idee liberali furono presi di mira dai reazionari, per cui dovettero fuggire travestiti da contadini nelle campagne di Castelpagano (Nota 24).
Manicone fu favorevole al governo 'bonapartista' e alle idee di libertà e progresso; ebbe pertanto buona fortuna col nuovo re di Napoli Giuseppe Bonaparte, sotto cui nel 1806/7 pubblicò la sua voluminosa opera La fisica appula, in cinque tomi; per questa egli poté essere annoverato tra i  membri della 'Società d'incoraggiamento alle scienze', eretta nel 1806 allo scopo di incrementare le scienze utili (Nota 25).
La Fisica appula, frutto di molti anni di ricerca, contiene una ricca e sistematica serie di notizie riguardanti la Mineralogia, la Botanica, la Zoologia, l'Agricoltura, l'Igiene... della Capitanata, come anche sulla Geologia e Geografia fisica di detta regione. E' una preziosa miniera - scrive M. Papa (Nota 26) - per chiunque volesse conoscere e sfruttare le naturali risorse di questi luoghi. Fu un'opera molto studiata all'estero ed elevata al cielo dal padre Denza, dice il De Grazia (Nota 27). L'opera proprio per la sua utilità e la sua originalità è stata ristampata in un unico volume nel 1967.
Frattanto il Manicone si dedicò a un altro suo lavoro: Statistica generale della Daunia, come ci riferiscono vari autori. La morte forse non gli permise di portarla a termine, avendo già pronto il materiale, che andò perduto per incuria di coloro che non seppero apprezzarlo (Nota 28).
L'elenco delle opere non finisce qui. Verso il 1920 Domenico Maselli, insegnante di Vico del Gargano, dettò già vecchio, delle notizie al prof. Francesco Javicoli intorno al Manicone; in queste si fa cenno ad un'altra opera: La storia dei Concili in 19 volumi, la quale sarebbe stata bruciata per ordine del vescovo di Vieste, Mons. Domenico Arcaroli (Nota 29), prelato di natura affabile e zelante nella cura delle anime, col quale le idee spinte del Manicone non si armonizzavano, per cui tale fonte, anche se non trova riscontro in altre, potrebbe essere attendibile.