Sventato un colpo, era pronto un altro contro i religiosi di S. Matteo. Qual'era la loro condotta politica? Vennero fatte minuziose inchieste. Dopo di che, il Prefetto De Ferrari inviava il suo rapporto al Direttore della Cassa Ecclesiastica Cuciniello:

Convento di S. Matteo a S. Marco in Lamis. Sagrestia - Lavabo in pietra locale.
Convento di S. Matteo a S. Marco in Lamis. Sagrestia - Lavabo in pietra locale.
“Dalle assunte informazioni e notizie ricevute dalle autorità del Circondario di Sansevero, ha potuto il sottoscritto pienamente convincersi che i frati minori Osservanti di S. Matteo in S. Marco in Lamis sono devoti all'antico regime e tornano pericolosi alle convinzioni politiche di quella ignorante plebe.
“La superstiziosa venerazione che si pratica per quel santuario è valevole mezzo perché quei frati possano dominare le coscienze pusillanimi e credule.
“Essi addottrinandosi alla stampa più retriva, come la Civiltà Cattolica, il Difensore Cattolico e simili che si procurano dagli appassionati lettori di quell'abitato, non possono spacciare che le dottrine rancide ed ostili attinte da sorgenti così velenose.
“In quel convento fra tutti si distingueva solo per frate onesto ed ossequioso al Governo certo P. Raffaele da S. Nicandro, sospetto alla Polizia borbonica per aver dimostrato sentimenti liberali. Inviso alla Comunità ha vissuto fino ad ora inquieto, tanto che ha dovuto abbandonare la casa monastica, ritirandosi nell'abitato. Fatto interrogare perché se ne fosse allontanato dichiarò che egli si vedeva insidiato nella vita, avendo sentito a dire dai briganti che si recavano spesso al convento per richieste di vitto volentieri soddisfatte da quei frati, che volevano avere nelle mani P. Raffaele da S. Nicandro ad essi indicato come liberale.
“Da tutto ciò è indotto lo scrivente a proporre alla Direzione della Cassa Ecclesiastica il concentramento di quei frati in altri chiostri fuori Provincia, primo perché i conventi che sono in questa, pochissimi ne potrebbero ricevere, secondo perché è molto indicato portarli più lungi che sia possibile da questa località, specialmente i nativi di quel Mandamento, i quali per avere molte ed antiche relazioni coi cittadini vi esercitano la maggiore influenza. Da una tale misura oltrecché cesserà quella popolazione di ricevere le prave insinuazioni di tanti frati dichiarati ostili al Governo, sarà tolto ancora un potenziale mezzo ai briganti (Nota 42) di trovare in quel convento notizie e vitto a loro bel­l'agio e si avrà un vasto locale da potersi adibire ad uso militare.
“Avuto riflesso poi alla inveterata pratica religiosa di essa popolazione per quel Santuario, il sottoscritto crede bene che la Chiesa debba rimanere aperta al Culto. Al quale effetto pro­pone che ne fosse affidata l'ufficiatura al suddetto P. Raffaele da S. Nicandro ed al Guardiano del suddetto convento P. Bernardo da Lucera, il quale quantunque inefficace a reprimere la malvagità dei frati ivi conviventi, non è riprovevole per la sua personale condotta.
“Infine il sottoscritto affinché la Direzione della Cassa Ecclesiastica s'abbia un'idea del numero e qualità di detti frati si pregia compiegare un elenco dei medesimi nel suo originale per le notizie che contiene, ricevuto dal Delegato di Pubblica Sicurezza di S. Marco in Lamis, e si starà attendendo le sagge determinazioni che nel proposito sarà per prendere. Il Prefetto di Foggia. (Nota 43).

Del rapporto di De Ferrari giudichi il lettore. Osserviamo semplicemente: il Prefetto di Foggia ignorava che il popolo di S. Marco nella sua maggioranza, e il clero in generale erano contrari al nuovo Governo? Ignorava che Garibaldini e Piemontesi, per i più, non erano che conquistatori?
Le 'sagge determinazioni' di Cuciniello non vennero. Qualche cosa di grosso bolliva nel pentolone. Il Ministro di Grazia e Giustizia G. Pisanelli, a Torino, 'aveva l'onore di rassegnare alla Camera dei Deputati, nella tornata del 17 gennaio 1864, un disegno di legge circa la soppressione delle case religiose' (Nota 44).
Il 7 luglio 1866, il Luogotenente Eugenio di Savoia emanava il decreto di soppressione generale di tutti gli Ordini Religiosi:

L'ingresso della Biblioteca del convemto di San Matteo a S. Marco in Lamis in una vecchia foto.
L'ingresso della Biblioteca del convemto di San Matteo a S. Marco in Lamis in una vecchia foto.
“Lo Stato Italiano non riconosceva nel suo ambito gli Ordini Religiosi; tutti i conventi erano soppressi e devoluti al Demanio dello Stato, eccetto le chiese che dovevano rimanere aperte al culto; i libri, i manoscritti, gli archivi e gli oggetti d'arte o preziosi devoluti a pubbliche biblioteche. “Lo sgombro” dei Religiosi dai conventi doveva avvenire entro e non oltre il 31 dicembre 1866; ai Religiosi Mendicanti si assegnava, vita natural durante, una pensione annua di Lire 250 se sacerdoti, di 144 se laici (Nota 45).
Quel che fu detto 'il sacrilego latrocinio' era consumato. Quarantanove Francescani, entro il 31 dicembre 1866, furono sfrattati, sotto i vigili occhi delle Guardie Nazionali, dal convento di S. Matteo. Dove andarono? Non si conoscono documenti diretti in proposito. Ma analogamente a quanto si è verificato in altre località, si può dire che alcuni di essi presero dimora presso le loro rispettive famiglie, altri mendicarono ospitalità da chi aveva buon cuore di riceverli. Per la maggior parte fu una vita miserabile. Un caso per tutti: il Ministro Provinciale P. Ludovico Barbaro da Lucera, nel 1867, scriveva al Ministro Generale dei Frati Minori a Roma: 'non mi ricevo prestazione o sussidio da chicchesia, sono senza pensione e con la sola Messa, a quando si trova e quando no, come tirare avanti con un certo decoro o decenza la vita? Ho dovuto ricorrere alla carità di una pia famiglia di D. Emanuele Caso (di Lucera) la quale mi ha ospitato' (Nota 46).
Gli agenti demaniali presero possesso del convento, le porte furono sbarrate, in attesa di nuove disposizioni del Ministro del Fondo Culto. Cominciava per il convento di S. Matteo il tren­tennio più squallido della sua storia.